Die Rhinoskopie kann in die rostrale (Untersuchung der Nasengänge bis zum Siebbein/Ethmoid) und kaudale Rhinoskopie (Untersuchung des Nasen-Rachen-Raum / nasopharyngealen Bereiches) unterteilt werden. Tumore im kranialen Bereich des Nasenganges können mittels Rhinoskopie deutlich dargestellt werden – auch die Abklärung einer Reihe klinischer Symptome im Nasenrachenraum wie chronischer Nasenausfluss, Niesen, Nasenbluten/Epistaxis, nasale Stenosegeräusche und exzessiver Würgereiz ist indiziert. Besonders effektiv ist die Rhinoskopie für die Diagnose und das Entfernen von Fremdkörpern in der Nase geeignet, da Fremdkörper oft röntgenstrahlendurchlässig sind und deshalb nicht immer auf dem Röntgenbild sichtbar werden. Durch Verwendung von Spülsystemen während der Rhinoskopie kann Sekret und Blut aus der Nase gespült und die Nasenstrukturen können besser beurteilt werden.

Die endoskopische Untersuchung von Larynx und Trachea ist zur Klärung verschiedener respiratorischer Symptome wie Tachypnoe (gesteigerte Atemfrequenz), Dyspnoe, akute Atemnot, chronischer Husten, Leistungsabfall bei Belastung oder Unruhe und Hecheln indiziert. Diagnosesicherung und Differenzierung verschiedener Kehlkopferkrankungen, z.B. Ausstülpung der Kehlkopftaschen, Kehlkopflähmung, Kehlkopfstenose, Trauma des Kehlkopfes, Fremdkörperverdacht oder Tumoren. Eine der wichtigsten Indikationen für die endoskopische Untersuchung der Trachea ist der klinische Verdacht auf das Vorliegen eines Trachealkollapses. Bei einem Trachealkollaps fällt die Luftröhre an einer Stelle in sich zusammen. Der Hohlraum, durch den die Luft in die Lungen strömt, wird dadurch erheblich verengt, so dass der Hund große Schwierigkeiten hat genügend Sauerstoff zu bekommen. Vor allem bei kleinen, älteren Hunden mit Übergewicht besteht die Gefahr des Trachealkollapses.
Eine weitere Indikation für die Tracheoskopie ist die Diagnosesicherung und das Entfernen von Fremdkörpern in der Trachea. Verschiedene Fremdkörper wie Gräser, Grannen und Getreideanteile können meist nur endoskopisch diagnostiziert werden, da die röntgenologischen Veränderungen bei Patienten mit derartigen Fremdkörpern in der Trachea oft minimal sind, auch wenn der Fremdkörper sich seit längerem dort befindet.

Die Untersuchung des Ohres mit einem speziellen Otoskop ist eine wichtige diagnostische Untersuchung in der Kleintierpraxis, da Erkrankungen des Gehörgangs sowohl beim Hund als auch bei der Katze sehr häufig auftreten.
Die Diagnose und Beurteilung einer Otitis externa  (Außenohrentzündung) oder Otitis media (Mittelohr-Entzündung) bei kleinen Haustieren ist eine häufige Aufgabe für den Tierarzt. Daher empfiehlt sich die Otoskopie für die Untersuchung, um so eine detaillierte Befundung und Therapie vorzunehmen, wobei auch eine Reinigung des Gehörganges über das Otoskop möglich ist.

Auch der Harnapparat kann im Rahmen einer Cystoskopie (Blasenspiegelung) endoskopisch beurteilt werden. Ein Vorteil bei dieser Methode ist wiederum die Möglichkeit einer Gewebeentnahme unter Sichtkontrolle. Es gelingt hier häufig bestimmte Entzündungsformen oder auch Tumoren sowie schwer erkennbare Steiner-krankungen zu identifizieren.
Eine Cystoskopie wird bei Hunden und Katzen immer häufiger durchgeführt, da sie eine verhältnismäßig wenig invasive Methode zur Beurteilung und Biopsie der Harnröhren-und Blasenschleimhaut ist. Die Cystoskopie wird bei Patienten mit Entzündungen der unteren Harnwege eingesetzt, z.B. zur Feststellung pathologischer Veränderungen bei Tieren mit rezidivierendem Harnweg-Infektionen (Urolithiasis, Polypen) oder bei Harnverhalten oder Inkontinenz.

Indikationen für die Vaginoskopie liegen bei Veränderungen der Vagina, Blutungen, Umfangsvermehrung und kongenitalen Missbildungen vor. Weitere Indikationen sind Verdacht auf Fremdkörper, Tenesmus vesicae (Blasenkrampf), Inkontinenz oder auch die künstliche Besamung bei Hündinnen. Die endoskopische, transzervikale, intrauterine Insemination (TCI) wurde 1993 etabliert. Die Insemination erfolgte hierbei mit einem Urethro-Cystoskop. Dies ermöglicht die direkte Betrachtung der Zervix und das Einbringen eines flexiblen Katheters in dem Muttermund unter optischer Kontrolle. Um diese Technik anzuwenden, ist viel praktische Erfahrung erforderlich.