La rinoscopia se puede dividir en la rinoscopia rostral (examen de los meatos nasales hasta los etmoides) y la rinoscopia caudal (examen de la cavidad nasofaríngea). La rinoscopia permite una visualización clara de los tumores situados en la parte craneal de los meatos nasales, así como el diagnóstico de una serie de síntomas clínicos en la cavidad nasofaríngea, tales como el flujo nasal crónico, el estornudo, la hemorragia nasal/epistaxis, el estridor nasal y el reflejo faríngeo excesivo. La rinoscopia ha mostrado ser particularmente eficaz para la detección y eliminación de cuerpos extraños en la nariz, ya que los rayos X muchas veces atraviesan los cuerpos extraños, no permitiendo en todo los casos su detección en la radiografía. El uso de sistemas de irrigación durante la rinoscopia permite eliminar secreciones y sangre de la nariz, consiguiendo una mejor visibilidad de las estructuras nasales.

La exploración endoscópica de la laringe y la tráquea está indicada para aclarar distintos síntomas respiratorios, tales como la taquipnea (aumento de la frecuencia respiratoria), la disnea, la apnea aguda, la tos crónica, la reducción del rendimiento durante el ejercicio o la inquietud y el jadeo. Permite la confirmación de diagnósticos y la diferenciación de distintas enfermedades de la laringe, tales como divertículos en los ventrículos laríngeos, parálisis de la laringe, estenosis laríngea, lesión de la laringe, sospecha de cuerpos extraños o tumores. Una de las indicaciones más importantes de la exploración endoscópica de la tráquea es la sospecha clínica de un colapso traqueal. En presencia de un colapso traqueal la tráquea se colapsa en un punto. La cavidad a través de la cual el aire pasa a los pulmones se estrecha considerablemente de manera que el perro tiene dificultades para obtener una cantidad suficiente de oxígeno. Sobre todo los perros pequeños obesos de cierta edad corren peligro de sufrir un colapso traqueal.
Otra indicación para la traqueoscopia es la confirmación del diagnóstico y la extracción de cuerpos extraños. Varios cuerpos extraños como las gramíneas, las puntas de hierbas y los trozos de cereales sólo pueden diagnosticarse, en la mayoría de los casos, por vía endoscópica, ya que las alteraciones visibles por rayos X en la tráquea de los animales que sufren esta circunstancia son mínimas, incluso aunque el cuerpo extraño ya se encuentre en la tráquea durante bastante tiempo.
 

El examen del oído mediante un otoscopio especial es un examen diagnóstico muy importante en el consultorio del veterinario de animales pequeños, pues las enfermedades del conducto auditivo son muy frecuentes tanto en el perro como en el gato.
El diagnóstico y la evaluación de una otitis externa u otitis media en animales domésticos pequeños es una tarea muy frecuente del veterinario. Por esta razón, conviene realizar el examen mediante otoscopia a fin de obtener unos hallazgos detallados y realizar una terapia eficaz, siendo posible también realizar la limpieza del conducto auditivo mediante el otoscopio

El aparato urinario también se puede evaluar mediante la cistoscopia. Una ventaja de este método es que permite la toma de muestras tisulares bajo control visual. Muchas veces se consigue identificar ciertos tipos de inflamación o tumores, así como la presencia de cálculos difícilmente detectables.
Las cistoscopias en perros y gatos son cada vez más frecuentes, ya que se trata de un método poco invasivo para la evaluación y biopsia de la mucosa  uretral y vesical. La cistoscopia se practica en aquellos pacientes que padecen inflamaciones de las vías urinarias inferiores, p. ej., para identificar alteraciones patológicas en animales con recidiva de infecciones de las vías urinarias (urolitiasis, pólipos), retención urinaria o incontinencia.

Las indicaciones para la vaginoscopia son las alteraciones de la vagina, las hemorragias, el aumento de volumen y las deformidades congénitas. Otras indicaciones incluyen la sospecha de cuerpos extraños, el tenesmo vesical, la incontinencia o la inseminación artificial de las perras. La inseminación intrauterina transcervical endoscópica (TCI) se estableció en 1993. La inseminación, en este caso, se llevaba a cabo mediante un uretro-cistoscopio, haciendo posible la visualización directa del cuello uterino y la introducción de un catéter flexible en el orificio uterino bajo control óptico. Esta técnica requiere mucha experiencia práctica.