In der endoskopischen Chirurgie oder speziell in der laparoskopischen Chirurgie werden die inneren Organe der Bauchhöhle und des Brustraums diagnostiziert und therapiert. Die Untersuchungen werden mittels eines endoskopischen Systems, das über einen oder mehrere Trokare platziert wird durchgeführt. Das Operationsgebiet wird vom Endoskop durch eine Xenon-Lichtquelle ausgeleuchtet.  Ebenso werden für chirurgische Eingriffe heutzutage  hochauflösende Videokameras verwendet. So erhält man zuverlässigere Informationen als bei nichtinvasiven Voruntersuchungen, wie beispielweise Ultraschall oder Röntgenkontrolle.
Die dazu gehörigen Arbeitsinstrumente werden durch weitere meist 5mm Trokare in das Abdomen unter Sicht eingeführt.
Gerade für chirurgische Indikationen sichert das endoskopische Vorgehen maximale Verlässlichkeit der Bildinterpretation. Dadurch wird das Komplikationsrisiko minimiert. Die Anwendung der Endoskopie in der Chirurgie macht eine korrekte Diagnose und Therapie auf eine wenig aggressive Weise möglich.

• Weniger Risiko für das Personal
• Weniger postoperative Komplikationen
• Geringeres Infektionsrisiko
• Kurzer Krankenhausaufenthalt
• Kürzere Rehabilitationszeit
• Verbesserte kosmetische Ergebnisse

Die endoskopische Chirurgie und damit verbundene geringere Traumatisierung verringert den Blutverlust für den Patienten. Die Bildung von Verwachsungen sogenannten Adhäsionen werden reduziert. Die kosmetischen Ergebnisse sind bei endoskopischen Interventionen deutlich besser als die der konventionellen Chirurgie.
Durch die oben genannten Eigenschaften ist die endoskopische Chirurgie, wenn empfohlen und möglich, die vorrangig chirurgisch angewandte Technik.